Antes de chegar a município autônomo, em 18 de fevereiro de 1959, teve seu nome modificado por mais duas vezes: em 30 de novembro de 1944, para Ajuritiba, que significa “Colina dos Pássaros”, e, em 24 de dezembro de 1948, para o definitivo Bom Jesus dos Perdões. Esta cidade tranquila, com povo acolhedor, fez parte do ciclo das bandeiras que partiam de São Paulo com destino aos sertões brasileiros à procura de esmeraldas e pedras preciosas. Fernão Dias Paes, em sua última bandeira, deixou por ali sua prima, Bárbara Cardoso, que se estabeleceu no local, dando início ao povoado do qual se originaram as cidades irmãs de Bom Jesus dos Perdões e Nazaré Paulista. A fundadora é responsável pela construção da capela que deu origem ao atual templo religioso, em estilo barroco mineiro, que no início do século XIX foi reformado pelos discípulos do grande mestre Aleijadinho. Em 1913 a capela do Senhor Bom Jesus dos Perdões foi elevada a Santuário Arquiepiscopal, e hoje é um centro religioso que recebe anualmente milhares de turistas e devotos vindos de várias partes do país. A melhor opção para chegar à cidade vindo da Grande São Paulo é pela rodovia Fernão Dias. Na cidade de Atibaia, o acesso até Bom Jesus dos Perdões é feito pela rodovia D. Pedro I, até o km 58.