O município de Vargem foi criado em 30 de novembro de 1929. No início era o antigo povoado de Nossa Senhora da Conceição de Jaguari, e seus habitantes eram bandeirantes, em busca do ouro, pedras e indígenas para escravizar, e ainda agricultores que buscavam o valor econômico da terra para estabelecer um comércio entre o sertão e o litoral. Essas terras foram cedidas a João Rodrigues Antunes, em 1778, e a João Francisco de Oliveira, em 1789. Em 1884, houve a instalação da São Paulo Railway, companhia de estrada de ferro da região Bragantina. A estação de Vargem era a última do sistema. A ferrovia foi um grande fator de integração social, pois o maior movimento era de carga para a região do sul de Minas Gerais. A pecuária se desenvolvia nesse eixo. Por algum tempo, Minas Gerais e São Paulo disputaram a posse do povoado, pois a divisa entre os estados era uma ponte que cruzava as terras da região. Com a inauguração da rodovia Fernão Dias, em 1959, houve a desativação da ferrovia. Esse fato, aliado à queda da agricultura do café, promoveu a estagnação do processo de desenvolvimento econômico e seu consequente declínio. Curiosamente, o município foi criado duas vezes. A primeira em 28 de dezembro de 1964, mas foi reconduzido à categoria de distrito em 17 de abril de 1970, sendo anexado novamente a Bragança Paulista. Passados 21 anos, teve sua autonomia política decretada em 30 de dezembro de 1991.